2009 年4月，我所邓兴旺实验室在《The Plant Cell》杂志在线发表题为“Genome-Wide and Organ-Specific Landscapes of Epigenetic Modifications and Their Relationships to mRNA and Small RNA Transcriptomes in Maize”的文章。该文章报道了使用高通量测序技术(Solexa)对玉米基因组中四种组蛋白修饰(H3K4me3, H3K9ac, H3K36me3, H3K

2009 年4月，我所邓兴旺实验室在《The Plant Cell》杂志在线发表题为“Genome-Wide and Organ-Specific Landscapes of Epigenetic Modifications and Their Relationships to mRNA and Small RNA Transcriptomes in Maize”的文章。该文章报道了使用高通量测序技术(Solexa)对玉米基因组中四种组蛋白修饰(H3K4me3, H3K9ac, H3K36me3, H3K27me3)，DNA甲基化，mRNA和small RNA转录活性的分析。

玉米基因组草图于2008年初公布。因此，对玉米基因组的注释，表观遗传修饰，基因和各种小RNA转录活性的研究成为玉米功能基因组学领域的重要课题。本研究中，作者对四种组蛋白修饰和DNA甲基化是如何综合影响基因表达进行了系统的分析：三种组蛋白H3K4me3, H3K9ac, H3K36me3在编码蛋白的功能基因上丰度很高，而在转座子相关基因上很少，并且对基因表达起到正调控的作用；H3K27me3和DNA methylation对基因表达具有负调控的作用，并且是相互排斥的。小RNA中microRNA和siRNA的组成比例在植物不同的发育阶段是有所不同，这种差异是由mop1基因的组织特异性表达所控制：高丰度的mop1基因表达可以使24-nt siRNA比例升高；相反，低丰度mop1基因表达导致24-nt siRNA比例降低，而21-nt miRNA比例升高。本研究还发现了两类新的siRNA：一类长度为22-nt的siRNA，是由基因组中long hairpin double-stranded RNA产生，作用于基因的编码区；另一类(20~22-nt)由基因组中的短颠倒重复序列(Short inverted repeat)产生的类似于miRNA的siRNA (miRNA-like small hairpin RNA)，以反式作用的模式与基因的上下游互补链结合。

我所王向峰博士和李学勇博士，耶鲁大学Axel Elling博士及中国科学院李宁博士为文章共同第一作者。我所何光明博士和戚益军博士，耶鲁大学孙卉参与了ChIP-DNA，mRNA和小RNA库的构建。ChIP-Seq与RNA-Seq测序数据是由北京生命科学研究所产生，其分析工作是在耶鲁大学和哈佛大学 (X. Shirley Liu)实验室合作下完成的。北京大学彭智宇博士参与了玉米基因组功能注释工作。邓兴旺教授为该文章的通讯作者。此项研究为科技部863项目和北京市科委资助课题。